距今大约1万1千年前，古富士的山顶西侧开始喷发出大量熔岩。这些熔岩形成了现在的富士山主体的新富士。此后，古富士与新富士的山顶东西并列。约2500-2800年前，古富士的山顶部分由于风化作用，引起了大规模的山崩，最终只剩下新富士的山顶。
据估计，距今1万1千年前到8千年前的3000年间，新富士山顶仍在不断喷发出熔岩。此后，山顶部没有新的喷发，但是长尾山和宝永山等侧火山仍有断断续续的喷发活动。
史上关于喷发的文字记载有：公元800年-802年（日本延历19-21年）的“延历喷发”，以及864年（日本贞观6年）的贞观喷发。富士山最后一次喷发是在1707年（日本宝永4年），这次由宝永山发出的浓烟到达了大气中的平流层，在当时的江户（现称东京）落下的火山灰都积有4厘米厚。此后仍不断观测到火山性的地震和喷烟，一般认为今后仍存在喷发的可能性。
根据东京大学地震研究所于2004年4月进行的钻探调查，在上述的3座山体下仍存在更为古老的山体。这第4座山体被命名为先小御岳。
历史上有记载的第一次爆发是在公元800年，而最近的一次则是在1707年，当时的剧烈喷发让100多千米外的江户（即今天的东京）都笼上了一层厚厚的火山灰，而环绕富士山周围的广阔平原也一直有强烈的火山活动。
宝永山
宝永山（ほうえいざん，Houeizan）是富士山周围最显眼的寄生型火山，其形成于日本历宝永四年。位于富士山东南斜面，标高2693米。在宝永山的西侧，有一巨大的火山口。
地下水
在富士山域降下的雨雪，在地表下形成了地下水脉而涌出，主要有四个景点：忍野八海、白线瀑布、柿 被冰雪笼罩的富士山
田川、涌玉池。
在富士山顶直径约800米的火山口周边，共有8座山峰：
名称:
（别称） 海拔
剑峰 （日本最高峰） 3776米
白山岳 （释迦岳） 3756米
伊豆岳 （阿弥陀岳） 3740米
朝日岳 （大日岳） 3730米
势至岳 （成就岳） 3730米
三岛岳 （文殊岳） 3730米
久须志岳 （药师岳） 3720米
驹岳 (浅间岳） 3710米
宗教
富士山顶设有富士山本宫浅间大社，用于祭祀富士山的神灵。因此，在富士山八合目以上除去登山道和气象观测所之外的385万平方米土地，都属于该神社所有。但是，由于无法确定静冈县和山梨县的边界，因此没有取得土地所有权登记。
浅间大社内供奉的神灵，为在记纪神话中出现的女神“木花开耶姫命”（コノハナサクヤヒメ，Konohanasakuyahime）。但是，目前仍不清楚从何时起这位女神成为了护佑富士山的神灵。
在古代的常陆国风土记中记载有关富士山神和筑波山神的传说。据说，天神拜访富士山神的住处，请求留宿，但是被主人以正在斋戒为由拒之门外。后来天神拜访筑波山神，也请求留宿，结果受到了欢迎。因此，此后筑波山上人流不断，而富士山却遭到了终年积雪的惩罚。
平安时代的文学作品《更级日记》中，记载了当时一些人认为富士山神可以决定朝廷次年的人事更替的观念。
到了江户时代，攀登富士山也在平民百姓中流行起来。平民们由于对富士山强烈的信仰，特地在江户各地堆起了许多富士冢。所谓“富士冢”，就是在能够眺望到富士山的地方用土堆起的人工小山丘，在山丘顶部也建有浅间神社供人参拜。因此，不能去富士山的人也能够在当地体验一下攀登富士山的感觉。这样的富士冢很多被命名为“浅间山”或者“朝熊山”。另外从港湾眺望到富士山的地方，也有建立浅间神社的石碑的风俗。
在高涨的富士山信仰的背景下，江户时代诞生了许多以富士山信仰为基础的神道教佛教混合的新宗教。这些宗教在江户进行施教，建立组织，许多都达到对幕府构成威胁的规模，因此遭到了幕府的镇压。这些宗教在明治维新中得以保存，与现在的实行教、丸山教和扶桑教等都有着渊源。即使在现代，也有许多以富士山信仰为基础的组织，例如奥姆真理教和法华三法行等都在富士山的山麓设立总部。
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